Por siglos corrieron por nuestras tierras, volaron por nuestros cielos y llenaron  nuestro aire con su canto. Sin embargo, hoy, de lo que fueron ya no queda nada y su eterna desaparición pudiera ser un recordatorio de alerta para los que están en vías de desaparecer.

Son múltiples los animales que existieron alguna vez en nuestra isla y e extinguieron.

Desde los más antiguos, hasta los más recientes, Puerto Rico ha visto esfumarse de su faz a mamíferos, aves, reptiles y anfibios como resultado de la extinción.

Las más recientes víctimas de esta declive de animales han sido tres especies de coquí.

El coquí de Eneida (Eleutherodactylus eneidae),  se encontraba en las tierras altas del interior de  Puerto Rico, como en El Yunque, el Bosque de Toro Negro,  Villalba, Barranquitas, Adjuntas, Utuado, Maricao y Aguas Buenas. La última especie de estas fue colectada  en 1984 y se escuchó por última vez en 2008. Se presume que está extinto.

Igual ocurrió con el coquí dorado (Eleutherodactylus jasperi). Este  coquí de  color amarillo dorado y de pequeño tamaño,  vivía en la Sierra de Cayey. Algunos naturalistas lo consideran actualmente extinto.

El coquí palmeado (Eleutherodactylus karlschmidti), por su parte, era la especie de coquí de mayor tamaño. Era la única especie de rana en la isla  que posee membranas entre los dedos.  A pesar de haber sido buscado intensamente, no se ha sido visto, ni escuchado desde 1974 y es posible que esté extinto.

De igual manera, de nuestros cielos se desaparecieron dos subespecies de la cotorra puertorriqueña (Amazona Vittata). Tan reciente como en 1912 Amazona Vittata Gracilipes que abundaba en Vieques y Culebra desapareció para siempre.

De los mamíferos, el perro mudo (Canis lupus familiaris) de los Taínos llamados Josibi o Ateo dejó de existir muy pronto luego de la llegada de los Españoles.

También, los registros fósiles demuestran que por nuestros suelo corrió una musaraña del género Nesophontes del orden Soricomorpha.

Estos animales habitaban las islas de Cuba, La Española, Puerto Rico y las Islas Caimán. Se cree que estos animales sobrevivieron a la extinción del Pleistoceno. Algunas autoridades estiman que la extinción de este género  corresponde con la llegada de las ratas  a bordo de los barcos españoles.

Los Nesophontes sólo han sido descritos a partir de restos fósiles y huesos encontrados en las Antillas Mayores. Los intentos recientes de localizar poblaciones supervivientes no han tenido éxito. La de Puerto Rico era Nesophontes edithae y eran insectívoros.

Mucho más atrás en el tiempo, en nuestros bosques se movía el perezoso de Puerto Rico al igual que en La Española y Cuba. Cada Isla tenía su propia especie de perezoso terrestre, cuyos tamaños variaban, desde especies gigantes del tamaño de un oso hasta especies incluso más pequeñas que las existentes hoy en día.

En Puerto Rico, se han encontrado fósiles de al menos dos especies. Uno de estos fue encontrados en el pueblo de Yauco, en rocas del Oligoceno temprano (33.7-28.5 millones de años atrás). Este fósil, descubierto en 1994  por un grupo de investigadores del Museo Americano de Historia Natural en Nueva York y el Museo Nacional de Historia Natural de Cuba, representa la especie más antigua del Caribe.

El fósil consiste de la parte proximal (la más cercana al cuerpo) de un fémur, lo cual no es muy informativo para poder darle un nombre científico al fósil. Aún así el hallazgo es de gran importancia científica, ya que además de ser uno de los perezosos más antiguos del mundo, también establece la presencia de perezosos en el Caribe para el Oligoceno, anteriormente sólo se conocían del Cuaternario (1.8 millones de años atrás).

La otra especie, descrita en 1916, fue encontrada en depósitos del Cuaternario (1.8 millones de años atrás hasta hoy día) al norte de la Isla. De esta especie, conocida como Acratocnus odontrigonus, se han encontrado cráneos, mandíbulas, vértebras y huesos de las extremidades anteriores y posteriores.

También hubo tres murciélagos nariz de hoja (Macrotus waterhoussii, Monophyllus plethodon, y Phyllonycteris mayor), otros cinco roedores (un hutia gigante: Elasmodontomys obliquus, un hutía: Isolobodon portoricensis y tres ratas espinosas: Heteropsomys antillensis, Heteropsomys insulans, y Puertoricomys corozalus).

De las aves que también se han encontrado fósiles está  una especie de Vencejo (Tachornis uranoceles) datado en el Pleistoceno posterior (entre 17 000 y 21 000 años atrás). 

También seis especies endémicas  han desaparecido en el último milenio. Está el  múcaro de Puerto Rico (Tyto cavatica), caracara puertorriqueño (Polyborus latebrosus), perico puertorriqueño (Aratinga chloroptera maugei), pájaro carpintero puertorriqueño (Scolopax anthonyi), la Perdíz puertorriqueña (Geotrygon larva) y el gallito de tierra de Puerto Rico (Nesotrochis debooyi).

Cuatro aves de Puerto Rico, el Perico Hispano, el Cuervo de cuello blanco, el Cuervo Cubano, y el Caraú fueron echados de su territorio tras la expansión de población en Puerto Rico en la mitad del siglo XIX, y tres especies más, la Yaguasa de pico rojo (Dendrocygna autumnalis), el pidencito (Laterallus jamaicensis), y el gran flamenco, ya no se encuentran en el archipiélago.