El papel que desempeñó la Iglesia en la conquista fue tanto o más importante que la búsqueda de riquezas para la corona española.

Sabemos que existió una iglesia en el poblado de Caparra y que, al fundarse la ciudad de San Juan en la isleta del mismo nombre, se construyeron varias estructuras eclesiásticas, como ermitas y conventos.

En 1521, el obispo de San Juan, Alonso Manso, seleccionó el solar en donde se edificaría la primera catedral, ubicado en el centro de la joven ciudad. La estructura original era de madera y tenía un techo de paja. 

Desafortunadamente, fue destruida por un huracán en 1526. Dos años después, la catedral fue reconstruida con madera, paja y tapias de piedra, hasta el 1539 cuando fue nuevamente afectada por el azote de un ciclón. 

Posteriormente, el cabildo eclesiástico resolvió poner en marcha la reconstrucción, terminando en el año 1587, cuando el obispo Diego de Salamanca se retiraba de su cargo.