Cuando Juan Ponce de León llegó a Borikén, se estableció en un lugar que denominó Caparra.

En 1509, construyó allí una casa de techo plano, murallas almenadas y merlones. El 1 de mayo de ese año, Ponce de León le escribió al gobernador general de Indias, Nicolás de Ovando, diciéndole que "fice (sic) una casa mediana, con su terrado de pretil, e almenas, e su barrera delante de la puerta, e toda encalada de dentro e de fuera, de altor de siete tapias."

Allí se estableció junto a su esposa e hijo, además, aquella casa se convirtió en el lugar donde se almacenaban las armas y los documentos referentes a la colonización.

Sin embargo, Caparra no fue el centro de la isla de San Juan Bautista por mucho tiempo. A pesar de la oposición de Ponce de León, la capital fue trasladada a la isleta de San Juan entre 1519 y 1521. Esta mudanza se había comentado desde que los residentes de Caparra comenzaron a experimentar los problemas que la distancia y los pantanos representaban para el desarrollo y la seguridad del poblado.

El antiguo asentamiento de Caparra fue revivido posteriormente, convirtiéndose en Guaynabo en 1769, al separarse su parroquia de la de Río Piedras. Desde su fundación, el municipio estuvo gobernado por militares y no fue hasta 1782, que don Cayetano de Sarna se convirtió en el primer alcalde del pueblo.

En 1875, la debilidad económica del municipio provocó que fuera suprimido y segregado entre Río Piedras y Bayamón. Esta situación se extendió por 37 años, hasta que la Ley #71 del 7 de mayo de 1912 constituyó a Guaynabo como municipio.